水天使結腸灌沖系統有防止進水逆流設計。
此設計是為了將出水的噴嘴管只能讓水流出經由肛門進入結腸內，而結腸內骯髒的汙水是絕對無法進入水天使結腸灌沖系統的出水口。
而使用過的躺台，醫護人員在使用前、後都會用醫療級消毒劑來消毒，滅菌措施已達到一般手術檯的標準，為多國政府的衛生機構所認可。水天使結腸灌沖系統的安全措施是不會產生院內感染。